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补充材料和数据

补充材料提交说明

原始数据的存放

补充材料提交说明

提交什么作为补充材料

不能包括的辅助材料,也不是必要的,包括在手稿全文中,但仍然会对读者有益。它不应该是理解论文结论的必要条件,但应该包含与文章内容直接相关的附加或补充数据。鼓励作者在适当的时候利用这个机会提交补充数据;例如,当材料的数量太大而不能包含在论文的主体中时,或者当材料的格式无法在印刷中表示时(即视频剪辑或动画图形)。请注意,除非存放在公开可用的数据库中,否则用于创建手稿中描述的分子模型的原子坐标必须作为补充数据提供。

所有被视为补充资料的材料必须与主稿同时提交给同行评审。请在提交时清楚注明作为补充资料的材料。还要确保在正文的适当位置提到主要稿件中的补充数据。在论文被接受发表后,它不能被修改或替换。[未经过同行评议的辅助材料不会作为补充数据发表(因此不会在目录中指定为'S'),但可以通过作者主页的链接提供,由处理论文的执行编辑自行决定。]不得使用“补充”一词来描述本材料。请使用“支持材料”或“附加材料”等词。

补充数据应以最终格式单独提交。请注意,补充数据将不会被编辑,因此请确保其清晰简洁,并且术语的风格与论文的其余部分一致。还要确保演示文稿可以在任何互联网浏览器上运行。

注:补充数据被视为已发表的材料,并受与其所属的已发表文章相同的版权和许可规则的约束。

元数据

虽然我们不限制作者可能包括的补充材料项目的数量或类型,但我们确实要求他们提供相关和有用的文章扩展,并且它们与文章主体中包含的图表和表格一样得到很好的描述。这种材料的良好元数据是可发现性和有用性的关键。所有补充材料应包括以下内容:

  • 类型和编号:补充材料几乎可以用任何方式命名,只要文件命名一致,编号以“S”开头,以句号结束。例子:
    • 图S1。
    • 表S1。
    • 文本S1。
    • 视频S1。
    • 动画S1。
    • 替代语言摘要S1。
  • 图片、表格、视频、动画的标题不超过15个字,采用加粗字体,采用句子大小写。
  • 补充材料的图表和表格应遵循正文图表和表格的要求(见图的准备表准备).
  • 其他类型的补充资料文件应包括不超过300字的标题,描述图形/视频/动画的关键信息,读者可以在不参考文本的情况下理解文件。
  • 引用文内

    所有补充数据必须在正文中适当的位置注明,就像正文中的数字和表格一样。这为读者提供了上下文,并允许无缝互连。文本引用应使用适当的类型和数字标识(例如,视频S1)。补充数据应由出版商作为在线内容提供,并链接到在线稿件。这些数据应由电子文件组成,而不应仅仅是与另一个网站的链接。

    可接受的格式

    补充数据最好保存为一个单独的PDF文件,包括所有文本、图形、表格和图例。如果不可能,最多可以接受10个文件来组成文章的补充数据单元。我们希望补充材料文件不要超过10MB。但是,如果这个大小限制导致质量损失(例如,通过减小尺寸或以损害图像质量的方式压缩电影),我们可以接受更大的文件。

    文本文件

    补充文本应以MS Word (.doc)、HTML (.php)或RTF (. RTF)格式的文本文件提交。并应在文本中适当提及。

    Excel (.xls)或CSV格式的电子表格文件。在可能的情况下,将所有表格合并到一个Excel工作簿中,将单个表格保存在单独的、有明确标签的工作表(标签)上。

    数据

    补充图应以单独的tif, gif或jpg文件提交,最低分辨率为300 ppi,与主要图一样(请参阅我们的图的准备有关数字准备的详细说明部分)。

    视频和音频剪辑

    对于视频,请尽量提交质量合理的视频和音频剪辑。我们强烈建议提交MP4格式的视频和mp3格式的音频剪辑。无论你使用什么格式,视频必须在QuickTime Player v. 7.6.2或Windows Media Player v. 11中打开和播放。

    强烈鼓励有视频和/或音频片段的作者提交他们的文章,并将其包含在文章正文中。这可以用与图形或表格相同的方式完成,即参考多媒体内容,并在正文中注明应将其与其相关标题放在何处。

    帮助

    如果您需要有关提交或准备补充资料的进一步帮助或资料,请info@oatext.com

原始数据的存放

发表的一个固有原则是,其他人应该能够复制和建立作者发表的观点。因此,在OA文本期刊上发表的一个条件是,作者被要求及时向读者提供材料、数据和相关协议,而不受不适当的限制。对材料或信息可用性的任何限制必须在提交时向编辑披露。任何限制也必须在提交的稿件中披露,包括读者如何获得材料和信息的细节。如果材料是由一个以营利为目的的公司分发,这必须在文件中说明。

数据集将从出版之日起免费提供给读者,并且必须在提交时提供给编辑和同行审稿人,以评估手稿。

对于以下类型的数据集,必须提交到社区认可的公共存储库。论文中必须提供入库编号。下面列出了适当的公共存储库示例。

沉积层序和构造资料

序列信息、用于创建手稿中描述的分子模型的坐标和结构数据必须在接受之前以电子形式提交到适当的数据库,以便不迟于相应文章在期刊上发表的日期发布。数据库提供的沉积编号和/或加入编号应包含在稿件中,并在在线提交时输入相关框,或在收到稿件后立即通知处理稿件的执行编辑。在可能没有适当数据库的情况下,作者必须应要求提供其数据。原子坐标可以作为补充材料包括在出版物中。在《华尔街日报》收到存档号码之前,稿件将不会发表。

用于报道新核酸序列的论文

核酸序列信息必须存入三大协作数据库(EMBL/GenBank/DDBJ)之一。对于从公共或私人网站获得的序列,作者有责任确保在出版前存放手稿中使用的任何序列。由于EMBL、GenBank和DDBJ之间每天都会交换数据,因此只需要向一个数据库提交序列。新的序列名称及其加入号应列在材料和方法部分的开头,以帮助读者检索。为了允许新的数据搜索方法,NAR鼓励作者在引用其手稿中已建立的序列时引用GenBank的加入号。

对于Illumina型测序,鼓励作者向NCBI的序列读取档案提交原始Illumina数据,并在手稿中包含相应的登录号。

用于报道新的大分子结构的论文

描述生物大分子结构的论文的作者必须根据编辑的要求提供原子坐标和相关的实验数据(晶体结构的结构因子振幅/强度,或核磁共振结构的约束),以便对稿件进行评估,如果这些数据尚未在公开可用和公认的数据库中免费获取(例如,蛋白质数据库Uniprot核酸数据库生物磁共振数据库).电子显微镜导出的密度图和坐标数据必须存入EMDB

小分子的结晶学数据

从晶体学分析中报告小分子新的三维结构的手稿应包括。cif文件和带有概率椭球的结构图,作为补充信息发表。还应提交每个结构的结构因素。结构因素和结构输出都必须使用IUCR的CheckCIF例程进行检查,并且在提交时必须包含输出的PDF副本,以及报告的任何警报的理由。小分子的晶体学数据应提交给剑桥结构数据库,并在手稿中适当引用沉积数。出版时必须提供完整的访问权限。

数据库:剑桥晶体学数据中心(CCDC)适合于核苷、核苷酸和其他小分子的数据沉积。

的一个成员站点全球蛋白质数据库RCSB PDB欧洲蛋白质数据库(PDBe)日本蛋白质数据库(PDBj),或BMRB适用于x射线晶体学测定的蛋白质和核磁共振方法测定的所有大分子的数据沉积。

核酸数据库(NDB)适用于核酸晶体结构的原子配位和结构因子数据。这通常可以通过上面描述的全球蛋白质数据库或RCSB蛋白质数据库来处理。

核磁共振论文:核磁共振作业应该报告给DSS,而不是HOD。

用于报告新的蛋白质序列的论文

通过直接测序确定的蛋白质序列必须提交给UniProt(即TrEMBL, Swiss-Prot和PIR)使用交互式提交工具SPIN。请注意,他们没有提前提供核酸序列翻译结果的蛋白质序列的加入号。这些翻译将自动从核苷酸序列数据库(EMBL/GebBank/DDBJ)转发,并在纳入UniProt时分配UniProt的登录号。表征实验的结果也应提交给UniProt对于新序列,这些应包括在序列提交中。现有的UniProt条目也应该更新。这可以包括诸如功能、亚细胞位置、亚单位等信息。

用于报告新的ChIP-Seq数据的论文

新的ChIP-Seq数据必须存放在GEO中,并在接受发表时或之前具有加入号。

微阵列数据

所有作者必须遵守微阵列实验的最小信息(MIAME)由微阵列基因表达数据协会发布的指南。NAR还要求将微阵列数据提交到GEO或ArrayExpress数据库,并在接受发表时或之前提供登录号。

定量聚合酶链反应

鼓励作者遵循“实时定量PCR实验的最小信息发布”(MIQE)指南,如果合适的话。该指南由实时PCR数据标记语言联盟发布,可在http://www.rdml.org/miqe.php

其他数据集

除了上述向社区认可的公共数据库提交数据的强制性要求外,《自然》杂志强烈建议将其他类型的数据集存放在适当的公共存储库中,这些存储库处于开发的早期阶段。188bet体育网站这类存储库有助于共享大型数据集,其中一些存储库可以在发布前提供匿名裁判访问数据的选项,包括: